尽管目前在医学上并没有大样本的流行病学调查证据表明紧急避孕药会导致宫外孕，但从临床观察到的情况看，有一部分病人的确是在服用紧急避孕药后出现宫外孕的，所以不少妇产科医生认为：常用紧急避孕药会增加发生异位妊娠(宫外孕)的风险。
滥用紧急避孕药容易导致一些人内分泌功能紊乱，从而导致输卵管异常而不孕，也会导致极少一部分人发生宫外孕。
妇科医生给出的解决方法是：一定要按药品说明书的要求服用紧急避孕药。另外，服用紧急避孕药3个月至半年之内，最好不要再次服用。如果服药后月经有异常，应该前往医院检查。近期不打算生育的女性，可以服用长效避孕药，其副作用比紧急避孕药小得多。